Logo antes do procedimento é fornecida uma solução com medicamento para eliminar gases e bolhas que podem atrapalhar o procedimento. Já na maca, é colocada uma espécie de máscara que mantém a boca do paciente aberta para que o procedimento possa ser realizado.

O exame às vezes desperta algum temor nos pacientes por conta da sedação que é utilizada, mas é importante destacar que ela é administrada na veia e tem efeito pontual, dura somente o tempo do exame (cerca de 15 minutos). Durante todo o período, a oxigenação e a frequência cardíaca são monitoradas.

Após a anestesia, o médico endoscopista introduz o endoscópio, um tubo flexível com uma câmera e iluminação na ponta, pela garganta. O instrumento traz em um monitor imagens em tempo real do aparelho digestivo do paciente. Do início ao fim, o indivíduo recebe monitoramento cardíaco e fica conectado a uma fonte de oxigênio. Enquanto o especialista conduz o endoscópio pelo trato digestivo, ele analisa as condições dos tecidos, tira fotos para análise posterior e pode inclusive remover, com o próprio endoscópio, pólipos ou material para biópsia, caso note algo que mereça investigação.

Por conta da sedação, é normal se sentir “grogue” nas horas imediatamente após o exame. Logo que sai da maca, o paciente é encaminhado para uma sala onde permanece por alguns minutos (de 15 a 30), até que passe o efeito mais intenso da sedação.

Após o exame o paciente pode retornar com seus hábitos alimentares normalmente, mas recomenda-se não ingerir bebidas alcoólicas por pelo menos 12 horas. Também é normal sentir um leve desconforto na garganta após o exame.